虽然鱼类的免疫系统不象哺乳动物那么进步，但确实是存在且能保护身体对抗疾病，防御的第一阵线是避免疾病的病原体侵入身体，鱼的外层具有鳞片以及表皮和真皮可以有效地抵御病原体入侵，任何一种多少都能提供一点保护作用来对抗病原体和机械性的伤害。外层的防御组织更进一步的有粘液包覆，内含有许多杀菌和抗霉菌的物质，粘液层会不断更新，可以挡住脏东西并阻止外寄生虫增殖。另一处病原体可能侵入的地方是经由消化道，在这里的酵素作用和不适当的PH值使得多数的病原体可以趁虚而入。
如果这些防御阵线的其中一个瓦解了，病原体就可以经由皮肤的伤口或是肠道长驱直入的进入鱼体内。在一些紧迫的情况下，肠子会变大而有厌氧发酵作用，酵素开始攻击肠壁，使得病原体可以侵入组织和血液中。
在血液中有许多物质提供免疫作用来迅速对抗病原体，包括抵抗病毒的化学性干扰素和补体蛋白质，后者可以对抗细菌和病毒。身体对入侵到血液中的外来异物最先的反应就是封闭入口以避免渗透压调节出现问题，同时也可以阻止病原体在身体里散布开来，发炎反应是经由受损组织所释放出来的组织胺和其他物质所引起，使受伤地方的血管封闭起来，血液中的纤维蛋白素原和凝固因子也经由纤维素的物理性机制而填塞住这个地方，白血球被吸引到这个战场并吞噬这些异物，然后带到肾脏和脾脏。（但是不幸的是许多细菌具有克服发炎反应的能力，它们释出毒素来摧毁吞噬性白血球或是产生某种物质来溶解纤维素而使其可以扩散到身体的其它地方）
肾脏和脾脏会形成特殊的抗体来对抗每一种特别的入侵者，这些入侵者称为<抗原>。抗体产生的过程或许需要多达二周的时间，每一种抗体都会吸附到它所专属的特异性抗原，而且以许多不同的方式来与之缠斗；抗体或许会将抗原去毒而使白血球可以消化，或将抗原的繁殖系统不活化，使其无法增殖，或是吸引血液中的补体来帮助摧毁整个抗原的细胞。
如果先前曾经遭遇过相同的抗原，鱼类的免疫系统会立即做出反应，已经存在的特化抗体会迅速增殖来对抗这些相对应的抗原，这就是免疫作用的要旨，接种去除毒性的疾病病原到鱼身上，使它产生特定的抗体，而在面临某些特殊疾病的侵扰时，可以增加存活率。
鱼类免疫系统的有效性和环境有关，水温下降时，免疫反应的速度会减低，如果病原体不是以前曾遇过的话，死亡就将无可避免。鱼类倾向表现出<热症候群>的行为，也就是在生病时会较喜欢到温暖一点的水域。此外，环境的污染也会降低鱼类的免疫反应。
经常会有这样的情况，某个网友对某种鱼大伤脑袋，老是养死，而可能另一个网友就会说，这鱼好养!剔除环境因素的变因，每条鱼的免疫情况都是不同的，我们所要做的就是帮助来到鱼缸里的小生命渡过最初的不稳定阶段，从这段文字得到的另一个启发，就是较温暖的温度有助于鱼鱼免疫系统的活化，当您观察到爱鱼老是喜欢逗留在沉水泵体的机芯附近时，您应该及早关心它的健康和给它一个好的环境。
