（1）升温是杀死小瓜虫的最安全方法，缓慢升温至28～30℃可以有效杀死小瓜虫。
（2）用2毫克研的醋酸亚汞或硝酸亚汞水溶液浸洗鱼体，水温15℃以下时浸洗2～2．5小时；15℃以上时浸洗1.5～2小时，浸洗后在清水中饲养1～2小时，使死掉的虫体和黏液脱掉。
（3）遍洒醋酸亚汞，水温在10℃以下时使饲养水体中药物的浓度达到0.2㎎／升；10～15℃时浓度达到0.15㎎／升；15℃以上时浓度达到0.2㎎／升。硝酸亚汞和醋酸亚汞对治疗小瓜虫效果很好，对其它原虫类也有杀灭作用，但是亚汞类为剧毒药品，使用时应特别注意安全。
（4）用0.2～0.4㎎∕升孔雀石绿水溶液药浴病鱼2小时，然后在清水中饲养1小时，洗去黏附在鳃和体表的药液、黏液等，6天后用同样浓度的药液再浸洗1次。
（5）福尔马林200～250㎎／升浓度和孔雀绿1～2㎎∕升浓度合剂浸洗鱼体1小时，然后在清水中饲养1小时，在6天后用同样浓度的药液再浸洗1次。
（6）用冰醋酸167㎎∕升的水溶液浸洗鱼体，水温在17～22℃时浸洗15分钟，以后每隔3天再浸洗1次，2～3次为一疗程。
（7）加强饲养营养丰富的活饵料，增强鱼体抵抗力。已经发病的饲养容器要刷洗干净，然后用5%食盐水浸泡1～2天，以清除、杀灭小瓜虫及其孢囊，并用清水冲洗后再饲养金鱼。
